V říjnu 1937 nastoupil prezenční službu u hraničářského praporu 10. Po odchodu do civilu pracoval krátce v Říši, po zapojení do odboje musel odejít do zahraničí. V lednu 1940 odešel „jižní“ cestou do Francie. Útěk se ale povedl až na podruhé. V Agde byl odveden k čs. pěšímu pluku 1. Zúčastnil se ústupových bojů. Po porážce Francie byl evakuován do Velké Británie, kde byl vyznamenán. V polovině srpna 1941 nastoupil výcvik pro speciální operace. Byl určen do výsadku BIOSCOP. Po seskoku se výsadek rozdělil. Jan Hrubý s Josefem Bublíkem odešli na Moravu. Záchytné adresy selhaly, vrátili se do Prahy a spojili s Adolfem Opálkou. Po atentátu na Heydricha odešel 30. května 1942 do úkrytu v kostele sv. Cyrila a Metoděje. Dne 18. června 1942 po boji v kryptě ukončil svůj život výstřelem do spánku.