V hodnosti poručíka dělostřelectva absolvoval v roce 1938 vojenskou akademii. Na konci roku 1939 legálně opustil protektorát a balkánskou cestou se dostal do Francie. Zde působil i jako instruktor. Po evakuaci do Velké Británie absolvoval výcvik pro speciální operace, byl povýšen na nadporučíka. Nejdříve byl vybrán pro operaci Mercury, nakonec byl ale jmenován velitelem skupiny Barium. Po seskoku v dubnu 1944 se mu podařilo za pomoci svých druhů vytvořit rozsáhlou zpravodajskou síť. Skupinu však sledovalo gestapo. Nejdříve nasadilo konfidenta Gustava Žida, poté Šanderova přítele z Anglie, nyní již konfidenta, Vítězslava Lepaříka. První schůzku s Šanderou Lepařík gestapu zatajil, na podruhé podlehl. V obklíčení gestapa se Josef Šandera střelil do pravého spánku. Přežil a byl převezen do hradecké nemocnice, kde po necelých dvou měsících zemřel.